Actuellement, le coût d'acquisition d'un bateau électrique est plus élevé que celui d'un bateau à moteur conventionnel équivalent. Cela s'explique par le fait que la technologie utilisée pour la propulsion des bateaux électriques est encore nouvelle et qu'elle n'est donc pas aussi bon marché à produire qu'un bateau conventionnel actuel. Actuellement, de plus en plus de moteurs hors-bord électriques sont disponibles sur le marché avec des batteries intégrées, mais ils n'ont souvent pas l'autonomie souhaitée par de nombreux clients.
Cependant, c'est après le coût d'acquisition initial que le bateau électrique commence à briller. Dans la grande majorité des cas, l'exploitation d'un bateau électrique est moins coûteuse que celle d'un bateau à moteur à combustion. Bien que le carburant soit plus dense en énergie que les batteries lithium-ion qui équipent généralement les bateaux électriques, la majeure partie de l'énergie produite est perdue dans le bruit, les vibrations et la chaleur. Les moteurs électriques, quant à eux, sont beaucoup plus efficaces et peuvent donc parcourir une distance étonnamment longue, même avec des batteries plus petites. En outre, le coût du carburant est beaucoup plus élevé que celui de l'électricité, de sorte que la recharge complète d'un bateau électrique coûte beaucoup moins cher que le ravitaillement en carburant d'un bateau à moteur à combustion équivalent.
Les bateaux électriques présentent également un avantage en matière d'entretien. La carrosserie et l'hélice de chaque bateau doivent être entretenues régulièrement afin de les protéger contre les bernaches, la corrosion, la rouille, etc. Dans les bateaux à moteur à combustion, de nombreux points d'entretien sont disponibles en raison des divers produits chimiques et pièces mobiles nécessaires au fonctionnement. Étant donné que la plupart des propriétaires de bateaux ne les utilisent pas régulièrement, ils doivent souvent vérifier leur bateau avant de quitter la marina pour s'assurer qu'il n'y a pas de mauvais carburant, que les systèmes ne sont pas obstrués, que les niveaux d'huile sont corrects, qu'il n'y a pas de rouille ou de corrosion, etc. Un entretien mensuel régulier du bateau peut contribuer à le protéger contre le vieillissement et les problèmes, mais cela entraîne un grand nombre de dépenses au fil du temps. Rien que pour le moteur, il faut s'attendre à des bougies usées, des filtres à air encrassés, des courroies d'entraînement usées et des remplacements de lubrifiants pour maintenir le bateau en bon état de marche.
En comparaison, un bateau électrique a tendance à avoir beaucoup moins de points d'entretien parce qu'il a beaucoup moins de pièces mobiles. Cela est dû à l'absence de transmission et de système d'alimentation en carburant. Il est toutefois important de vérifier régulièrement les joints et les boîtiers de fils exposés, car l'air marin et l'exposition au soleil peuvent parfois provoquer la rupture des boîtiers de fils, laissant les fils exposés et susceptibles de rouiller. Pour les entretenir, il est essentiel de les laver et de les nettoyer régulièrement, comme c'est le cas pour toutes les embarcations.